2000年省政府明确赋予省交通厅全省公路、水路的建设、管理职能，具体由省高速公路建设指挥部、省长江公路大桥建设指挥部承担全省高速公路、过江大桥的建设，厅公路局负责全省公路的行业管理，厅航道局负责全省航道的建设管理，厅运管局负责运输管理，省地方海事局负责水上安全监管。

　　近年来，在省委、省政府的高度重视下，“大交通”管理体制的构建快速推进。

　　2005年6月成立了江苏省港口管理局，作为省交通厅副厅级的内设机构，负责全省港口的规划和管理。

　　2006年8月，省铁路建设办公室整建制并入省交通厅，负责全省合资铁路、地方铁路的建设和管理。

　　2007年1月在省交通厅增挂江苏省航空产业发展办公室牌子，下设航空产业处，负责全省航空产业的规划和管理，标志着我省“大交通”管理体制的基本形成。