2006年全省港口完成货物吞吐量86359万吨，其中外贸货物吞吐量13422万吨，集装箱吞吐量428.76万TEU，同比分别增长14.31%、18.10%和40.38%。2006年沿江沿海港口完成货物吞吐量61557万吨，其中沿江港口完成货物吞吐量53874万吨，沿海港口完成货物吞吐量7683万吨。连云港港、南京港、镇江港、苏州港和南通港这五大国家主要港口共完成货物吞吐量4.92亿吨，外贸货物吞吐量1.15亿吨，集装箱吞吐量394.5万标箱，分别占全省港口货物吞吐量的57%、85.8%和92%。苏州港、南京港和南通港均突破亿吨大关，跻身于亿吨大港之列。