2020年初，突发的新冠肺炎病毒在我国部分地区漫延，为做好苏北运河疫区来船的防控工作，在江苏省交通运输厅的统一部署下，苏北航务管理处对进入苏北运河的船舶进行了甄别、隔离及安全放行工作，其中外省来船的甄别工作是重中之重。

苏北航务管理处在下属的施桥、淮阴、淮安、皂河、解台五座口门船闸与地方防疫、海事等相关部门联合设立疫情防控点，检查来自长江方向、淮河方向、山东方向的来船。由于疫情关系，无法采用上船检查的方式进行核查，苏北航务管理处通过AIS定位识别船舶轨迹，核定来船方向及近期运行轨迹，但由于部分船舶没有开启AIS设备或部分船舶轨迹缺失，可能造成核查的疏漏。对此，苏北航务管理处在各防控点专门成立船舶信息核查小组，在检查船舶AIS定位时，配合信用手段，以“信用承诺”形式，鼓励船员通过电话主动诚信自报，如实申报船舶起讫点、船舶人员数量、体温是否正常、14日内是否有疫区靠泊记录以及疫区人员接触记录等信息。工作人员记录每条船舶申报情况，与其AIS轨迹核对，确保无疫区来船隐瞒行迹，进入苏北运河，带来疫情扩散的危险。

截止4月6日，该处所属各防控点共排查外省来船15824艘，船上乘员36761人，累计排查长江方向来船2111艘（其中湖北方向来船512艘）；安徽淮河方向来船6591艘；山东方向来船7122艘；排查工作中，未发现船员自报与AIS轨迹不符的情况，未发现新冠病毒疑似或确诊患者进入苏北运河。